Per garantire alle aziende maggiori certezze, è stata introdotta la certificazione del credito d’imposta che valida la conformità dei progetti di R&S ai requisiti previsti dalla legge
Il tema dell’utilizzo corretto del bonus R&S continua a generare tensioni. Negli ultimi anni, l’Agenzia delle Entrate ha intensificato i controlli sull’incentivo. In fase di verifica, l’Amministrazione ha adottato sistematicamente il “Manuale di Frascati” per valutare l’accesso al credito d’imposta previsto dall’art. 3 del DL 145/2013, anche per il periodo 2015-2019. Questo scostamento temporale ha portato all’introduzione di una procedura di riversamento spontaneo (DL 146/2021, art. 5, commi 7-12), che consente alle imprese di sanare compensazioni indebite del credito senza sanzioni o interessi, pur basandosi su normative successive.
Nonostante tale apertura, il contenzioso tra imprese e Fisco è esploso, con numerosi ricorsi contro l’AGE per la presunta non conformità dei progetti ai criteri del Manuale di Frascati. Le imprese hanno spesso avuto la meglio, evidenziando la scarsa competenza tecnica dei verificatori. In questo scenario si inserisce l’atto di indirizzo del 1° luglio 2025. Il documento distingue tra: crediti “inesistenti”, privi dei requisiti oggettivi; crediti “non spettanti”, legati a una diversa interpretazione tecnica, pur in presenza dei requisiti formali.
Il provvedimento chiarisce che i crediti fondati su progetti documentati ma privi di elementi qualificanti rientrano tra quelli “non spettanti”, ridimensionando l’approccio finora adottato dal Fisco, che tendeva a considerarli “inesistenti”. Viene valorizzata la certificazione tecnica prevista dall’art. 23, comma 2, DL 73/2022, che consente alle imprese di ottenere da soggetti qualificati una conferma della compatibilità degli investimenti con il beneficio fiscale. Tale certificazione ha valore vincolante, salvo errori nei fatti rappresentati.
La certificazione può attestare: la natura agevolabile degli investimenti; la qualificazione delle attività di R&S secondo il DL 145/2013; la conformità delle attività di innovazione digitale 4.0 e transizione ecologica, ai fini dell’aliquota maggiorata prevista dalla legge 160/2019. L’atto stabilisce che, se il contribuente dispone di tale certificazione, eventuali contestazioni basate solo sulla qualificazione tecnica dell’investimento possono essere dichiarate nulle. È possibile richiedere la certificazione anche dopo l’investimento, purché non sia stato notificato un PVC. Si raccomanda di informare preventivamente l’Amministrazione per evitare contestazioni.
Tuttavia, la limitazione della validità della certificazione al solo periodo antecedente la notifica del PVC è stata contestata dalla Corte di Giustizia Tributaria di II grado della Lombardia. In quel caso, un’impresa aveva ricevuto un PVC che negava novità e originalità dei progetti. La certificazione, ottenuta successivamente, è stata comunque ritenuta valida dai giudici, purché redatta da esperti e basata su analisi rigorose. Infine, la sentenza del Tar del Lazio del 29 luglio 2025 ha segnato un punto di svolta: il Manuale di Frascati non può essere usato per valutare i crediti d’imposta R&S relativi al periodo 2015–2019. Il ricorso nasce dal diniego del Mimit alla certificazione per attività svolte nel triennio 2017–2019, basato su criteri introdotti successivamente (DPCM 2023 e DM 2020). Il Tar ha accolto il ricorso, rilevando: la violazione del principio di irretroattività, poiché sono stati applicati criteri non vigenti nel periodo in esame; l’uso illegittimo di parametri interpretativi sopravvenuti, non conoscibili all’epoca. Il Tar ha ribadito che la valutazione del credito deve basarsi esclusivamente sulla normativa vigente nel periodo d’imposta. Ha inoltre evidenziato che, fino al 2019, a prassi amministrativa, faceva invece riferimento al Manuale di Oslo. L’obiettivo dell’agevolazione era sostenere l’innovazione e la competitività aziendale, non necessariamente il progresso scientifico sistemico.